2世帯住宅は大まかに完全分離型と共有型に分けることができます。完全分離型は、台所、トイレ、浴室などが完全に別になっており、親世帯、子世帯が好きな時間に利用することができることがメリットです。
しかし、上と下にそれぞれの世帯が住まう場合、2階の足音、騒音などが気になったり、いるのかどうか聞き耳を立てたりして必要以上に気配を気にするケースもあります。また、玄関が別でも何となく監視をされているような気持にもなります。お互いに必要以上に干渉しないということを、住む前に確認しないとあとあと関係がこじれてしまうケースもあるようです。台所、トイレ、浴室が共有という住宅は、やはり、お互い気を使い、好きな料理が作れない、若い人の味に慣れないなどの細かい問題が生じがちです。
また、互いの寝室のプライバシーを守るため、鍵をかけたりするなど防御も考える場合があります。トイレや浴室もプライバシーが守られることが前提ですが、義理父と嫁がかちあう場合もあり心理的負担が生じることがあります。小さい子供がいる家庭は、親世帯に任せて共働きができますが、しつけ、学力へ干渉してくることもあり、教育理念などもあらかじめ確認しなくてはいけない場合もあります。そうした心理的負担やお互い遠慮すること、騒音問題などを持ち合わせているのが2世帯住宅の短所です。